第二次忍界大戰(zhàn)中，空之國空忍者村仗著高科技與五大國為敵，被木葉村擊敗?？杖陶叽迨最I(lǐng)神農(nóng)帶著殘余分子遠(yuǎn)走海外建設(shè)基地，猥瑣發(fā)育，積蓄力量。
死灰復(fù)燃的空忍村眼看連航空母艦都發(fā)展出來了，磨刀霍霍，想再等三四年準(zhǔn)備充足后，就能展開復(fù)仇大計。但空忍村因?yàn)閹缀跖c世隔絕，消息閉塞。得知橫空出世的《堅毅忍者傳》續(xù)集的信息慢了好幾拍。
奈良鹿九根據(jù)書中少量線索，推測出空忍村余孽大致方位和范圍。
三代火影猿飛日斬抱著寧可信其有，不可信其無的態(tài)度。果斷派遣忍者部隊(duì)，遠(yuǎn)赴海外偵查。各種偵查忍者各顯神通，找到空忍村余孽并予以毀滅性打擊。
空忍村的忍者個體力量和其他忍者村相比，就是戰(zhàn)五渣。被木葉村忍者部隊(duì)摸到老巢突襲后，一敗涂地。連航空母艦都被油女一族忍者的蟲子啃食殆盡。
只有少數(shù)幸運(yùn)兒逃過一劫，借助飛行機(jī)逃跑。這還是因?yàn)檫h(yuǎn)征的木葉村忍者部隊(duì)人數(shù)捉襟見肘的緣故。木葉忍者以少勝多也就算了，全殲敵人就不可能了。
空忍村敗得如此輕易，還有一個原因是這種關(guān)鍵時刻，首領(lǐng)神農(nóng)不在。群龍無首之下，又無出色人才主持大局，豈有不敗之理？
神農(nóng)當(dāng)時之所以不在，是因?yàn)樗麛M定好發(fā)展規(guī)劃后，就將種田發(fā)展交給手下操心，自己當(dāng)了甩手掌柜，已經(jīng)十年多沒有回去了。
這是因?yàn)閿〗o木葉村后，他就醉心于尋找新的強(qiáng)大力量，比如說尾獸。可是尾獸已經(jīng)被各個忍者村瓜分殆盡，而且他的正面戰(zhàn)斗力也不強(qiáng)，打不過人柱力。
但他還有一根救命稻草，那是他早年偶然間從古籍中得知的關(guān)于零尾、零尾復(fù)活之卷軸的只言片語，以及關(guān)鍵的束縛零尾力量的術(shù)式。
因此他對零尾的存在深信不疑，或者說不得不信，這是他最后的希望。
他有很高的黑暗醫(yī)療忍術(shù)造詣，也有一定的研究成果。但是巧婦難為無米之炊，就差足夠的黑暗查克拉。如果能得到零尾的黑暗查克拉，他的實(shí)力就可以無需日積月累的修行鍛煉，一步登天。為了得到零尾復(fù)活之卷軸，他偽裝成流浪醫(yī)生，潛入各國村子暗中打探消息，但是一無所獲。
當(dāng)他后知后覺知道《堅毅忍者傳》續(xù)集后，大感不妙，但為時已晚。
果然，后來殘存的舊部聯(lián)系到他。他得知多年心血和基業(yè)一朝覆滅，氣急攻心。更令他幾欲吐血的是，木葉村做事滴水不漏，木葉村忍者在火之國雨林邊境的村莊附近，找到空忍村遺址吳哥要塞——安克爾·班迪安（王都要塞的意思），并將其摧毀。
嚴(yán)格說來，這座有足夠能源支撐就能飛行的石頭構(gòu)成的吳哥要塞才是空忍村的主體和象征，本身也是一個究極兵器。只是當(dāng)年倉皇逃竄的空忍村忍者來不及帶走，才不得不藏在毒物眾多、危機(jī)四伏的雨林。
神農(nóng)本來還幻想著得到零尾后，就將零尾的力量作為驅(qū)動吳哥要塞的能源，讓吳哥要塞成為自己的王座，見證天空霸主空忍村的復(fù)興。
可是連續(xù)兩個噩耗傳來，令他一蹶不振，王圖霸業(yè)一場空。最重要的是，他老了，所剩時間不足以再次暗中將空忍村發(fā)展起來，所以雄心不再。
第二場中忍考試后，對空忍村有所關(guān)注的大蛇丸按圖索驥找上門，與之密談。
原來，大蛇丸早年和神農(nóng)有段淵源。神農(nóng)曾傳授大蛇丸再生之禁術(shù)，但這只是草創(chuàng)階段的不完全的忍術(shù)。
大蛇丸研究這個不完全忍術(shù)已經(jīng)大有所獲。他之所以得到異乎常人的強(qiáng)大生命力，這個忍術(shù)也是功不可沒。他相信多年過去，創(chuàng)始者神農(nóng)應(yīng)該完善了這個忍術(shù)，而且與他的研究方向肯定會有所區(qū)別，對他而言很有價值。
大蛇丸很期待神農(nóng)完善的忍術(shù)能帶給他足夠的驚喜，所以垂涎不已。
并且順便邀請神農(nóng)一起對付木葉村。敵人的敵人不一定是朋友，但大蛇丸和神農(nóng)本就有一定的交情，所以有合作的基礎(chǔ)。
可是神農(nóng)雖然對木葉村滿腔怨恨，但他頹廢不已。
“要我和你一起對付木葉村？哈，晚了。我現(xiàn)在要人沒人，要力量沒力量，你還來找我做什么？看我笑話嗎？”
“沒人？空忍村忍者不是逃出一部分被你召集起來了嗎？”
神農(nóng)慘笑道：“剩下的一點(diǎn)烏合之眾有什么用？”
“在我的計劃里，你說的烏合之眾可堪一用，”大蛇丸繼續(xù)蠱惑道，“木葉村把你害得這么凄慘，難道你就不想報復(fù)？要說力量的話，我也有辦法讓你得到力量。但是作為交換，你將完整的再生之禁術(shù)給我。別告訴我這么多年過去，這個忍術(shù)你一點(diǎn)都沒有改進(jìn)。”
神農(nóng)不屑道：“難道你想給我咒印的力量么？免了，我還想多活幾年呢?！?p> “我這次來可不是空手而來，而是給你帶來一份見面禮，你一定會滿意的。聽說你一直想要零尾復(fù)活之卷軸，我可是特意帶來了。”
神農(nóng)激動不已：“此話當(dāng)真？你從哪里找到的？我還以為是虛妄?！?p> 零尾也成神農(nóng)的執(zhí)念了，找了那么多年，他也不甘心自己的追求是鏡花水月。
大蛇丸一臉怪異：“說出來你可能不信，是木葉村某個人幫我找到的。而且他一句話吩咐下去，下面就有人幫他找。相比之下，你一個人漫無目的的尋找，簡直是大海撈針。我真是佩服你的毅力?！?p> 神農(nóng)差點(diǎn)失心瘋：“木葉村？哈哈哈...我一直想找到的東西竟然在死敵木葉村那里？而且是木葉村的人找到的，如此強(qiáng)大的力量木葉村竟然瞧不上。我這些年的追求難道只是一場笑話嗎？”
其實(shí)如果沒有蝴蝶效應(yīng)，按照劇情里時間來看，神農(nóng)大概會兩三年后在木葉村找到零尾復(fù)活之卷軸。
大蛇丸平靜道：“強(qiáng)大么？我看過零尾的制造術(shù)式，這種人造尾獸的力量比起正統(tǒng)尾獸差遠(yuǎn)了，不過如此。也就你當(dāng)個寶貝。而且零尾的力量不僅有隱患，還無法像尾獸一樣用常規(guī)的封印術(shù)封印在人體被利用，不受控制?！?p> 在大蛇丸看來，零尾簡直就是坑。卷軸上說的“在人的內(nèi)心產(chǎn)生黑暗時，讓零尾附身”實(shí)在是模棱兩可。是不是內(nèi)心越黑暗越容易吸引零尾附身？內(nèi)心黑暗又有什么標(biāo)準(zhǔn)？
大蛇丸自認(rèn)為他的內(nèi)心不算黑暗，只是別人難以理解他的想法。曉的那一群人才是內(nèi)心黑暗。他是曉的叛徒，與曉為敵。如果他用零尾的力量，零尾會不會投敵鉆入敵人的懷抱？這種資敵行為，他就敬謝不敏了。
“嘿，零尾在木葉村當(dāng)真是明珠蒙塵，你們都不懂得利用零尾的力量?！?p> 大蛇丸不置可否：“那么，合作愉快?！?p> 于是神農(nóng)和大蛇丸一拍即合，狼狽為奸。